本部
事務局
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- 経営企画部
- 財務部
- 教育戦略部
- 研究戦略部
- 施設統括部
- 情報環境部
- 図書館情報部
- 岐大病院事務部
- 名大病院事務部
- 岐阜大学教学事務部門
- 名古屋大学教学事務部門
- Common Nexus事務部
運営支援組織
- 教育基盤統括本部（アカデミック・セントラル）
- 学術研究・産学官連携統括本部
- 情報連携統括本部
- 環境安全・防災統括本部
- ＩＲ統括本部
- 施設マネジメント統括本部
- 統括技術センター（イノベーションコアファシリティステーション）
- 法務室
- 大学文書資料室
- Common Nexus（コモネ）
監査室
岐阜大学
名古屋大学
デジタルユニバーシティ室
カーボンニュートラル推進室
